本研究所は、冲永 荘一総長(当時)の発案により、1983年に山口 英世教授を初代センター長に本学医学部内の研究機関、帝京大学医学部医真菌研究センターとして設立されました。1984年には日本微生物株保存連盟(現・日本微生物資源学会)にも加盟し、今日まで有用な真菌株資源の保存活動を進めています。 1992年には現在の形である帝京大学付置研究機関へ改組、「帝京大学医真菌研究センター」となりました。2026年より「帝京大学医真菌研究所」へ改組し、英語名称も「Teikyo Institute of Medical Mycology(TIMM), Teikyo University」としています。 2021年からは冲永 寛子副学長が所長を務めており、2023年には設置から40周年を迎えました。